ملا صدرا با مطالعات و افكارى كه داشت نمىتوانست با روحانيان قشرى عهد صفويه ، هم‌عقيده و هم‌آواز باشد ، به همين مناسبت دشمنان ، زبان به تكفير او گشودند . در آثار او ، شكايت از اهل زمان و فقها بسيار است . وى براى نجات از ملامت و تكفير دشمنان ، قسمتى از عمر خود را به سير و سياحت گذرانيد . با اينكه در گفتگو با فقيهان رعايت محيط را مىكرد و از طرح مسائل علمى و فلسفى خوددارى مىنمود ولى طلاب و دانشجويان ، او را رها نمىكردند و از او مىخواستند كه لااقل از مسائل فقهى سخن گويد . وى كه اهل معنى بود فى المثل ضمن گفتگو از طهارت مىگفت : « وضو و غسل از براى تطهير ظاهر است و عمدهء مقصود شارع تطهير باطن ، از اغراض بيهوده و خيالات فاسده است و اين هم ممكن نشود مگر با توجه به سوى حق تعالى ، و انسانى كه خداى را نشناخته چگونه به دو توجه كند ، پس اهمّ مطالب و عمدهء مقاصد ، معرفت خدا خواهد بود . و رفته‌رفته داخل در سخنان مخصوص خود مىشد و كم‌كم براى هوشمندان ، اشاراتى و كناياتى بيان مىكرد ، تا اينكه شاگردانش تشنه بحكمت مىشدند و از او خواهش مىكردند كه درسى از فلسفه شروع كند و او ، به التماس و استدعاى مردم چنين مىكرد . عصر ملاصدرا ملاصدرا در عصرى طلوع كرد ، كه چراغ دانش كم‌نور بود و مردم در اثر تربيت و سياست فرهنگى عهد صفويه به مسائل علمى و فلسفى توجه و عنايتى نداشتند و كار به جايى رسيده بود كه اخباريّه از قبيل شيخ يوسف بحرانى و سيد نعمة اللّه جزايرى و ملا محمد امين استرآبادى ، علامهء حلّى و ديگر فقها را كه اندكى ميل به اصول و استدلال داشتند سب و شتم مىكردند ، با اينكه اصوليين ، و اخباريين چندان فرقى ندارند . بديهى است در زمانى كه علامه حلّى و « مفيد » و سيد مرتضى ، مردود علماى بزرگ آن عصر باشند حال حكما و عرفا چه خواهد بود ، از اين‌رو در كتب ملاصدرا مىبينيم كه سعى بسيار مىنمايد كه مطالب فلسفى را با اخبار و احاديث وفق بدهد درحالىكه خود او مىداند كه مذاق فلسفه با اخبار و احاديث سازگارى ندارد و اهل علم و نظر مىدانند كه فلاسفه و عرفا و حكما را هرگز نمىشود با اخباريين و فقها هم‌فكر و هم‌داستان شمرد ، وى براى آنكه از شرّ مردم جاهل آسوده باشد مجبور است كه اصول كافى را شرح كند ، و در فلسفه از اخبار هم دليل بياورد تا مردم بگويند اين مرد محدّث است نه حكيم . . . » « 1 »

--> ( 1 ) . تاريخ فلاسفه اسلام ، اكبر صيرفى ، ص 36 به بعد .